En este tema, Nelson (1968), después de un extenso estudio concluye que Ch. quinoa y Ch. nuttaliae son dos especies estrechamente relacionadas. Sugiere además que en futuros trabajos de cruzamiento se debería utilizar Ch. berlandieri, la cual está muy relacionada a Ch. nuttaliae.
En México se cultiva también un amaranto el "huautli" o "alegría" (Amaranthus hipocondriacus) y que fue muy popular hasta la llegada de los españoles; una especie muy afín se conoce en los Andes, llamada kiwicha (Amaranthus caudatus) en la zona del Cusco, pero que recibe diferentes nombres desde Ecuador hasta el norte de la Argentina e incluye a A. edulis.
La lista de especies afines entre estas dos culturas es extensa, incluye además las cucurbitáceas y los frijoles o Phaseolus. Se han efectuado pocos estudios para conocer cómo pudo haber sido el medio de intercambio de semillas que debe haber ocurrido en algún tiempo antes de la llegada de los españoles. Se trata de un área que probablemente daría muchas luces en el conocimiento sobre el proceso mismo de la domesticación de especies en el nuevo mundo.
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