El pulgón es la plaga más común que ataca al tomate de árbol; sin embargo es fácilmente controlable con la aplicación de insecticidas en cualquier etapa de desarrollo de la planta. Se recomienda sin embargo no aplicar ningún control químico un mes antes de la cosecha. De igual manera, los áfidos que ataquen a la planta son vectores de virus y por eso la necesidad de combatirlos.
El mildiú (Oidium sp.) es el hongo más común, causando manchas en ambos lados de las hojas y que es necesario controlar al inicio del ataque.
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