La qañiwa es una de las plantas más resistentes a las enfermedades. Aunque se ha detectado algún ataque de mildiú (Peronospora farinosa) al comienzo de la floración, éste desaparece o la planta muestra alta tolerancia.
En relación a las plagas se han detectado varios insectos que la atacan. Entre los más importantes se pueden señalar los siguientes:
Pulgones: Myzus persicae y Macrosiphum euphorbiae.
Escarabajo negro "challu challu" (Epicauta willei y Epicauta latitarsis).
Gusanos y larvas: de lepidópteros, Gnorimoschema sp. y de la familia Noctuidae.
Ver también las plagas y enfermedades de la quinua tratadas anteriormente.
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