En una misma inflorescencia se pueden presentar flores hermafroditas, generalmente terminales y femeninas o pistiladas.
La proporción de flores pistiladas varía según los ecotipos. Rea (1969) estudió 40 introducciones procedentes de Ecuador, Perú y Bolivia, observando más de 240 flores en 102 plantas por introducción. El autor concluye que la quinua puede presentar una gran variación sexual y cuando se presentan flores hermafroditas con poco grano de polen, su tendencia es a la esterilidad masculina; por lo tanto pueden haber individuos totalmente alógamos y otros ocasionales.
Por ejemplo, la variedad Kcancolla parece ser bastante expuesta a cruzamientos, mientras que en las quinuas de panojas rojas predominan las flores hermafroditas, con menor probabilidad de cruzamiento.
Hay un grupo intermedio, como la Blanca de Juli, originaria de Puno, en la cual el grado de cruzamiento depende del porcentaje de flores pistiladas.
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